Biologie
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Item Identification de deux archaebactéries halophiles strictes isolées à partir des eaux de gisement de quelques champs pétroliers du sud Algérien et contribution à la caractérisation des biomolécules produites(2008) Khemili, SouadLes Bactéries halophiles extrêmes sont prédominantes dans le domaine des Archaea. Elles survivent dans les milieux à très forte concentration en sel (> 1.5M de NaCl). Actuellement, les Halobactéries présentent un grand intérêt grâce à leurs produits bioactives tel que les biosurfactants. Ces derniers ont des applications importantes grâce à leur propriété émulsifiante et activité tension active. Dans le présent travail, nous avons effectué des études microbiologiques, physiologiques et biochimiques des deux souches bactériennes halophiles A et D, leur pouvoir à produire des biopolymères à propriété émulsifiante, ainsi que l'essai de la caractérisation de ces biopolymères. D'après les résultats obtenus, la souche bactérienne A a été rapprochée au genre Halovivax et la souche bactrienne D au genre Haloarcula, au sien de la famille des Halobacteriacaea. Le biopolymère produit peut être un glycoprotéine pour la souche bactérienne A et d'un lipopeptide, glycolipide et /ou glycoprotéine pour la souche bactérienne DItem Prédiction des épitopes B de l'allergène Der p 5 et étude in silico de la structure et de l'état oligomérique des allergènes d'acariens des familles 5 et 21(2013) Khemili, SouadCette recherche s'inscrit dans le cadre de l'étude in silico (en utilisant des approches bioinformatiques et de modélisations moléculaires) des structures 3D des allergènes d'acariens de poussières de maisons des familles 5 et 21. Nous avons pour objectifs de définir les épitopes de Der p 5 et de fournir des informations quant à leur propension à dimériser. Cela contribue à l'étude de leurs mécanismes d’allergénicité et pourrait aboutir à la conception de variants hypoallergéniques pour l'immunothérapie. Quatre régions antigéniques ont été identifiées pour Der p 5: H34-L39 (épitope-Nt), H58-D69 (épitope II), L92-E107 (épitope I) et K129-V132 (épitope-Ct) (selon la numérotation du code PDB 3MQ1 de Der p 5). Par la suite, les résidus situés dans ces régions qui pourraient jouer un rôle crucial dans la liaison aux immunoglobulines E (IgE) ont été sélectionnés selon des critères que nous avons définis (nature des acides aminés et leur accessibilité au solvant) pour la validation expérimentale. Par ailleurs, nous avons étudié la propension des allergènes Der f 5 et Der f 21 de Dermatophagoides farinae, Der p 21 de Dermatophagoides pteronyssinus, Sui 5 m de Suidasia medanensis et Lep d 5 de Lepidoglyphus destructor et Blo t 21 de Blomia tropicalis à dimériser et former une grande cavité hydrophobe similaire à celle de Der p 5. Cette cavité hydrophobe a été suggérée dans la littérature comme pouvant intervenir dans l'initiation du processus allergique en liant certains ligands hydrophobes. Nos résultats suggèrent que seulement Der f 5 pourrait former un dimère semblable à Der p 5. Les autres allergènes (Blo t 5, Sui 5 m, Lep d 5, Der p 21, 21 et Der f Blo t 21) ne présentent pas une telle propension. En outre, nous avons identifié des mutations qui devraient déstabiliser et/ou entraver la formation de la structure dimérique de Derp5, ce qui pourrait aider à la compréhension du rôle du processus de dimérisation dans la réponse allergique de ces allergènes