Diagnostic moléculaire de la COVID-19 grâce la détection du virus SARS-COV2 par RT-PCR en temps réel et comparaison avec les tests antigéniques

Abstract

La pandémie de la COVID-19 est une maladie infectieuse émergente à l’origine d’une crise sanitaire mondiale. Elle est causée par le nouveau coronavirus SARS-CoV-2 du genre betacoronavirus, qui est apparu en chine en 2019 avant de se propager dans le monde. Le génome du coronavirus est constitué d'un ARN simple-brin de 30 Kb soit 29903 nucléotides et 11 gènes. Les manifestations cliniques induites par cette infection peuvent varier du simple rhume jusqu’au syndrome respiratoire aigu sévère. La crise sanitaire mondiale que nous vivant présente un défi majeur en matière de diagnostic. En effet, la détection rapide et spécifique de ce virus permet une bonne maitrise de la pandémie. Plusieurs tests de dépistage ont été développés et sont utilisés pendant la phase précoce de l’infection. En l’occurrence la RT-PCR en temps réel qui cible le gène E ou RdRp pour l’identification de l’ARN du SARSCoV-2 ainsi que le test de détection de l'antigène spécifique de ce virus par ELISA ou autres méthodes immuno-chromatographiques suite à un prélèvement nasopharyngée. Bien que la spécificité de la RT-PCR dans le diagnostic de la COVID soit élevée, sa sensibilité dépend de la charge virale, de la qualité de l’échantillon et du moment de son prélèvement. Cette analyse moléculaire vient toutefois en complément à d’autres investigations. Pour les tests antigéniques, ils sont moins sensibles que la RT-PCR. Mais vu leur rapidité et leur coût relativement peu onéreux, ils pourraient être intéressants pour le dépistage de masse ou lors de situations d’urgence. Quant aux tests sérologiques, ce sont des indicateurs de la prévalence du SARS-CoV-2 et de l’immunité collective. Ils permettent de définir la cinétique des anticorps. Des études évaluant la concordance entre tous ces tests seraient nécessaires à ce stade de la pandémie.